| 発表年 | 著作 | 文庫版 | 共著 | 全集・作品集 |
| 1953年 | 『フランスの大学生』 | | | |
| 1954年 | 『カトリック作家の問題』 | | | |
| 1955年 | 『堀辰雄』
『白い人・黄色い人』 | | | |
| 1956年 | 『神と悪魔』
『青い小さな葡萄』 | | | |
| 1957年 | 『タカシのフランス一周』
『恋することと愛すること』 | | | |
| 1958年 | 『月光のドミナ』
『海と毒薬』
『恋愛論ノート』 | | | |
| 1959年 | 『恋の絵本』
『おバカさん』
『蜘蛛 周作恐怖譚』 | | | |
| 1960年 | 『若い日の恋愛ノート』
『火山』
『あまりに碧い空』
『聖書のなかの女性たち』 | | | 『新鋭文学叢書6 遠藤周作集』 |
| 1961年 | 『ヘチマくん』 | | | |
| 1962年 | 『結婚』 | | | |
| 1963年 | 『宗教と文学』 | | | |
| 1964年 | 『わたしが・棄てた・女』
『浮世風呂』
『一・二・三!』
『偽作』 | | | |
| 1965年 | 『留学』
『狐狸庵閑話』
『哀歌』 | | | |
| 1966年 | 『沈黙』
『金と銀』
『楽天主義のすすめ』
『協奏曲』
『さらば、夏の光よ』
『闇のよぶ声』 | | | |
| 1967年 | 『ぐうたら生活入門』
『キリシタン時代の知識人 背教と殉教』
『現代の快人物 狐狸庵閑話巻之弐』
『どっこいショ』
『私の影法師』
『古今百馬鹿 狐狸庵閑話巻之参』 | | 『遠藤周作のまごころ問答』 | |
| 1968年 | 『影法師』
『快男児・怪男児』 | | 『周作口談』 | |
| 1969年 | 『それ行け狐狸庵』
『遠藤周作ユーモア小説集』
『大変だァ』
『薔薇の館・黄金の国』
『楽天大将』 | | | |
| 1970年 | 『遠藤周作怪奇小説集』
『愛情論 幸福の手帖』
『遠藤周作の本』
『石の声』 | | | |
| 1971年 | 『切支丹の里』
『母なるもの』
『黒ん坊』
『埋もれた古城』
『遠藤周作シナリオ集』 | | | |
| 1972年 | 『ただいま浪人』
『狐狸庵雑記帳』
『ぐうたら人間学』
『牧歌』 | | | |
| 1973年 | 『狐狸庵型』
『灯のうるむ頃』
『ぐうたら愛情学』
『死海のほとり』
『メナム河の日本人』
『ぐうたら会話集』
『イエスの生涯』
『遠藤周作第二ユーモア小説集』 | | 『ぐうたら怠談』 | |
| 1974年 | 『ぐうたら好奇学』
『ピエロの歌』
『周作快談』
『口笛をふく時』
『うちの女房、うちの息子』
『喜劇 新四谷怪談』
『最後の殉教者』
『恋愛作法』
『日本人を語る』
『白い風船』 | | 『狐狸庵 vs マンボウ』 | 『遠藤周作文庫』全51冊 |
| 1975年 | 『君たちの悩みにまじめにお答えします』
『彼の生き方』
『この人たちの考え方』
『身上相談』
『ぼくたちの洋行』
『吾が顔を見る能はじ』
『観客席から』
『続・日本人を語る』
『遠藤周作ミステリー小説集』 | | 『狐狸庵 vs マンボウ PART II』
『怠談 ユーモア対談集』 | 『遠藤周作文学全集』全11巻 |
| 1976年 | 『ボクは好奇心のかたまり』
『勇気ある言葉』
『私のイエス 日本人のための聖書入門』
『砂の城』 | | | |
| 1977年 | 『悲しみの歌』
『鉄の首枷 小西行長伝』
『走馬燈 その人たちの人生』
『旅は道づれ世は情け』
『自選作家の旅』
『日本人はキリスト教を信じられるか』
『愛情セミナー』
『白い風船』 | | | |
| 1978年 | 『ウスバかげろう日記』
『人間のなかのX』
『キリストの誕生』
『ぐうたら会話集 第2集』 | | | |
| 1979年 | 『王妃マリー・アントワネット』全3巻
『銃と十字架』
『十一の色硝子』
『異邦人の立場から』
『お茶を飲みながら』
『ぐうたら社会学』 | | 『周作怠談・12の招待状』 | |
| 1980年 | 『結婚論』
『天使』
『侍』
『狐狸庵二十面相』
『父親』
『かくれ切支丹』
『作家の日記』
『遠藤周作による遠藤周作』
『真昼の悪魔』
『ぐうたら会話集 第3集』 | | | |
| 1981年 | 『狐狸庵うちあけ話』
『愛と人生をめぐる断想』
『王国への道-山田長政』
『名画・イエス巡礼』 | | 『僕のコーヒーブレイク 遠藤周作対談録』 | |
| 1982年 | 『女の一生』
『足のむくまま 気のむくまま』
『自分をどう愛するか〈生活編〉』
『冬の優しさ』
『あべこべ人間』
『遠藤周作と考える-幸福、人生、宗教について』 | | | |
| 1983年 | 『悪霊の午後』
『私にとって神とは』
『よく学び、よく遊び』
『イエス・キリスト』
『イエスに邂った女たち』 | | | |
| 1984年 | 『自分づくり 自分をどう愛するか〈生き方編〉』 | | 『生きる学校 対談』
『快人探検 遠藤周作対談』 | |
| 1985年 | 『私の愛した小説』
『何でもない話』
『ほんとうの私を求めて』
『宿敵』 | | 『狐狸庵が教える「対話術」』 | |
| 1986年 | 『心の夜想曲』
『ひとりを愛し続ける本』
『スキャンダル』
『風の肉声』
『私が見つけた名治療家32人』
『遠藤周作のあたたかな医療を考える』
『あなたの中の秘密のあなた』
『男感覚女感覚の知り方』 | | 『狐狸庵が教える「対談学」 その方法と実地指導』 | |
| 1987年 | 『わが恋う人は』
『死について考える-この世界から次の世界へ』
『ピアノ協奏曲二十一番』
『眠れぬ夜に読む本』
『あまのじゃく人間へ』
『妖女のごとく』 | | 『新 ぐうたら怠談』 | |
| 1988年 | 『こころの不思議、神の領域』
『ファーストレディ』
『その夜のコニャック』 | | 『まず微笑』
『遠藤周作と語る 日本人とキリスト教』 | |
| 1989年 | 『“逆さま流”人間学』
『春は馬車に乗って』
『こんな治療法もある』
『反逆』
『落第坊主の履歴書』 | | | |
| 1990年 | 『変るものと変らぬもの』
『心の海を探る』
『考えすぎ人間』 | | | |
| 1991年 | 『生き上手 死に上手』
『決戦の時』
『男の一生』
『ヘンな自分を愛しなさい』 | | 『人生の同伴者』
『狐狸庵対談 快女・快男・怪話』 | |
| 1992年 | 『心の砂時計』
『王の挽歌』
『異国の友人たちに』
『狐狸庵 歴史の夜話』 | | 『対論 たかが信長 されど信長』 | |
| 1993年 | 『万華鏡』
『深い河』 | | | |
| 1994年 | 『心の航海図』 | | 『「遠藤周作」とShusaku Endo』
『「深い河」をさぐる』 | |
| 1995年 | 『女』 | | | |
| 1996年 | 『戦国夜話』
7月『風の十字路』
『なつかしき人々1』
『なつかしき人々2』
『生きる勇気が湧いてくる本』 | | | 『遠藤周作歴史小説集』全7巻 |
| 1997年 | 『最後の花時計』
『無鹿』
『好奇心は永遠なり』
『「深い河」創作日記』
『夫婦の一日』
『心のふるさと』 | | | |
| 1998年 | 『ルーアンの丘』
『信じる勇気が湧いてくる本』
『愛する勇気が湧いてくる本』 | | | |
| 1999年 | | | | 『遠藤周作文学全集』全15巻 |
| 2000年 | | | | |
| 2001年 | | | | |
| 2002年 | | | | |
| 2003年 | | | | |
| 2004年 | | | | |
| 2005年 | | | | |
| 2006年 | 『十頁だけ読んでごらんなさい。十頁たって飽いたらこの本を捨てて下さって宜しい。』 | | | |
| 2007年 | | | | |
| 2008年 | | | | |
| 2009年 | | | | |
| 2010年 | | | | |
| 2011年 | | | | |
| 2012年 | | 『遠藤周作短篇名作選』講談社文芸文庫 | | |
| 2013年 | | | | |
| 2014年 | | | | |
| 2015年 | | | | |
| 2016年 | | | | |
| 2017年 | 『人生の踏絵』
『沈黙の声』 | | | |
| 2018年 | | | | 『遠藤周作全日記』 |
| 2019年 | | | | |
| 2020年 | 『影に対して 母をめぐる物語』 | | | |
| 2021年 | 『秋のカテドラル 遠藤周作初期短篇集』
『薔薇色の門 誘惑 遠藤周作初期中篇』 | | | |
| 2022年 | 『稔と仔犬 青いお城 遠藤周作初期童話』
『善人たち』
『フランスの街の夜 遠藤周作初期エッセイ』 | | | |
| 2023年 | 『現代誘惑論 遠藤周作初期エッセイ』
『ころび切支丹 遠藤周作初期エッセイ』
『人生を抱きしめる 遠藤周作初期エッセイ』 | | | |
| 2024年 | 『沈黙の声 遠藤周作初期エッセイ』 | 『遠藤周作短篇集』岩波文庫 | | |
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